北京自然博物馆还和国外开展了一些合作研究项目，如与美国地球探索协会合作的宁夏回族自治区同心县古生物考察，与美国新墨西哥洲自然博物馆合作的云南禄丰下侏罗纪似哺乳爬行动物研究以及杨思谅研究馆员与德国圣肯堡自然博物馆合作的蟹类研究；饶成刚研究馆员曾与美国学者在美国《科学》杂志上共同发表了“早期鸟类飞翔与攀握：来自中国下白垩统地区的新化石证据”的论文。1994年北京自然博物馆与柳州白莲洞洞穴博物馆联合举办了“中国古人类与史前文化渊源关系”国际学术讨论会。中国自然科学博物馆协会于1993年举办了“自然科学博物馆与环境”国际学术讨论会。本馆的科学工作者还曾当选为国际第四纪地学大会的中方主席和世界鸟类学会秘书长。
几十年来，北京自然博物馆先后出版一些有代表性的科研专著和科普读物，如甄溯南的《中国恐龙足迹研究》、蔡其侃的《北京鸟类志》、王鸿媛的《北京鱼类志》、刘思孔与他人合著的《中国蝶类志》及《中国鸟类食毛目的研究》等。馆内有关专家还直接参与了《中国大百科全书》、《中国植物志》等专著的编纂工作。由馆内专家集体编写的科普图书《生物史图说》，1982年由科学出版社出版，深受广大读者欢迎；周国兴研究馆员的《人之由来》被评为全国优秀科普读物；1996年关键研究馆员等撰写的大型科普读物《恐龙时代》一书，被出版社作为优秀图书推荐给读者。科普作家唐锡阳的著作《环球绿色行》一书，读者反映强烈。甄塑南和周国兴研究馆员曾被中国作家协会授予成绩突出的科普作家称号。
北京自然博物馆内的北京动物学会等学（协）会还利用假期举办各类夏令营和生物教师培训班等活动，如先后组织了9届北京市中小学生物知识竞赛、生物夏令营和科普讲座以及策划“小手牵大手走进自然博物馆”。
北京自然博物馆的专业学术刊物《北京博物馆研究报告》创刊于1979年，已出版了60期，并与世界几十个国家和地区的专业研究机构保持着资料交换关系。2005年2月《北京自然博物馆研究报告》改为《自然科学与博物馆研究》，由北京自然博物馆、中国科学技术馆、中国地质博物馆和北京天文馆共同主办。本馆与中国自然科学博物馆协会、中国野生动物保护协会共同主办的科普期刊《大自然》杂志创刊于1979年，已发行出版了119期，目前年发行4万余册，1997年被中国科协评为优秀科技期刊。 |
