北京大学第三医院始建于1958年，当时是北京医学院第三附属医院；1985年北京医学院改名为北京医科大学，医院也随之更名为北京医科大学第三医院、北京医科大学第三临床医学院；2000年4月3日，北京医科大学与北京大学合并成立新的北京大学，我院也相应改称为北京大学第三医院、北京大学第三临床医学院，简称北医三院。
北医三院是集医疗教学科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。医院占地６5,995平方米（99亩），现有总建筑面积76,171.71平方米，病床1050张；有29个临床科室、11个医技科室；4个重症监护病房(ICU)、1个中心手术部，5个研究所、5个研究中心和9个研究室；有13个博士点、22个硕士点、1个临床博士后流动站；有国家级重点学科2个，211工程重点学科3个，即运动医学、妇产科、骨科、心血管内科。全院在职职工1,935人，有高级职称261人，其中在岗博士生导师31人，中科院院士一人。连续5年门诊量为北京市之首，急诊量居北京市第二位，国家药理临床研究基地，卫生部核事故医学应急中心设在北医三院。我院以病人为中心，以改善服务态度，提高医疗质量为重点，在新技术、新疗法的研究与应用方面取得了可喜的成绩。
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